Materiał do badania powinien być pobierany z obszaru na którym występują zmiany chorobowe. Pobraną próbkę należy umieścić w probówce z podłożem transportowym. Próbkę należy pobierać przed rozpoczęciem leczenia lub minimum 7 dni po jego zakończeniu – w przeciwnym razie badanie może przynieść wynik fałszywy. Jeśli przed pobraniem materiału zwierzę było leczone, na zleceniu należy skrótowo opisać rodzaj stosowanej terapii.
Wymazówki do pobierania materiału występują w dwóch rodzajach:
niebieskie – do badań ogólnych, (ucho, oko, nos)
czarne – do badań w kierunku beztlenowców.